Od 1983 r. Muzeum realizuje program edukacyjny pod nazwą Czwartkowe Spotkania Muzealne, obejmujący wykłady z zakresu szeroko rozumianej humanistyki. Dzięki nim wzrosła, nie tylko w środowisku bocheńskim, znajomość dziejów tego interesującego regionu, jego charakterystycznych cech kulturowych i zjawisk współczesnych mających swe źródło w przeszłości. Spotkania na trwałe wpisały się w życie kulturalne Bochni ciesząc się niesłabnącym powodzeniem w tutejszym środowisku. Dowodzą, jak znaczny jest wciąż jeszcze krąg ludzi ceniących żywe słowo i wymianę myśli. W prestiżowym konkursie Wydarzenie Muzealne Roku „Sybilla 2000” zostały uhonorowane III nagrodą w kategorii program promocyjny i oświatowo-edukacyjny.
Spotkania odbywają się regularnie co miesiąc – z wyjątkiem dwumiesięcznej przerwy wakacyjnej – w oparciu o wydrukowany na początku roku program. Formuła Spotkań polega na harmonijnym łączeniu tematyki regionalnej z zagadnieniami ogólniejszymi. Ponieważ miesięczna częstotliwość Czwartkowych Spotkań Muzealnych okazała się niewystarczająca, muzeum organizuje również Specjalne Czwartkowe Spotkania Muzealne, niekiedy także dla podkreślenia rangi tematu.
Nie sposób wymienić w tym miejscu wszystkich nazwisk znakomitych gości wygłaszających wykłady w muzeum bocheńskim podczas Czwartkowych Spotkań Muzealnych. Gościli u nas między innymi: prof. dr Tadeusz Chrzanowski, prof. dr Sławomir Nicieja, prof. dr Jacek Kolbuszewski, prof. dr Wacław Korta, prof. dr Andrzej Pankowicz, prof. dr Władysław Kupiszewski, dr Michał Rożek, dr Janusz Kamocki, prof. dr Zbigniew Perzanowski, dr Mieczysław Rokosz, red. Stanisław M. Jankowski, dr Andrzej Krzysztof Kunert, prof. dr Henryk Samsonowicz, dr Janusz Kurtyka, prof. dr Janusz Bogdanowski, dr Marian Kornecki, prof. dr Zofia Kowalska, prof. dr Antoni Cetnarowicz, Leszek Mądzik, Antoni Kroh, prof. dr Aleksander Krawczuk, prof. dr Józef Wolski, prof. dr Janusz Sondel, prof. dr Zdzisław Żygulski jun., prof. dr Józef Andrzej Gierowski, prof. dr Jerzy Wyrozumski, prof. dr Stanisław Rodziński, Marek Sosenko, prof. dr Piotr Krasny, prof. dr Paweł Valde-Nowak, dr hab. Mieczysław Rokosz, dr Karolina Grodziska, prof. dr Daniel Duda, dr Anna Spiss, Leszek Mądzik, Leszek Sobocki, prof. dr Michał Parczewski, prof. dr Czesław Robotycki, prof. dr Jan Włodek, prof. dr Zofia Włodek, prof. dr Krzysztof Zamorski, prof. dr Lechosław Lameński, dr Jerzy Duda, dr Grażyna Lichończak-Nurek, prof. dr Antoni Cetnarowicz, prof. dr Jacek Purchla.
Duże znaczenie ma także fakt, że poważną część programu Czwartkowych Spotkań Muzealnych wypełniają referaty przygotowane przez pracowników naukowych Muzeum o tematyce w przeważającej mierze regionalnej – z zakresu historii, etnografii, sztuki, archeologii. Staramy się tak konstruować program tych badań, aby dotyczyły zagadnień mało lub w ogóle nieznanych.
Wymiernym efektem Spotkań jest seria wydawnicza po nazwą Biblioteka Czwartkowych Spotkań Muzealnych, w której ukazało się dotąd 13 tomów. Ponadto kilka referatów wygłoszonych podczas Czwartkowych Spotkań Muzealnych ukazało się w wydawanym przez Muzeum „Roczniku Bocheńskim” a także w „Kronice Bocheńskiej” – lokalnym miesięczniku społeczno-kulturalnym.